El 19 de febrero de 1900 se constituyó por decreto presidencial la Dirección General de Aduanas, conformada por seis secciones.

El 17 de octubre de 1913 se firmó el decreto por el cual se crearon ocho secretarías de Estado para el despacho de los negocios administrativos, entre ellas la Secretaría de Hacienda y Crédito Público y Comercio, con atribuciones sobre aranceles de aduanas marítimas y fronterizas, vigilancia, impuestos federales y otros conceptos.

En 1916 se publicó la nueva tarifa de aranceles, en la cual el único producto prohibido era el opio; se redujeron los gravámenes a los artículos de primera necesidad y se aumentaron para los artículos de lujo.

En 1929 la ley vigente intentó modernizar y simplificar los procedimientos para el despacho de mercancías en las aduanas, junto con ella se pretendió la unificación en una sola tarifa de los diferentes impuestos. Esta ley fue abrogada por la nueva Ley Aduanera de 1935, en la que se incluyó un nuevo régimen jurídico para las actividades de los agentes aduanales.

El 18 de noviembre de 1931 se expidió el Reglamento Interior de la Dirección General de Aduanas y el Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda. En su artículo 3 se ubicó a la Dirección de Aduanas dentro de las Oficinas de Servicios Generales, con la función de administrar, coordinar y controlar los impuestos, derechos y aprovechamientos aduanales.

En 1951 se publicó el Código Aduanero, vigente hasta 1982, durante el período de sustitución de importaciones. Señalaba los lugares para realizar la introducción o extracción de mercancías; los casos de excepción para comerciar con los países, los requisitos especiales, las prohibiciones y la documentación para la operación; así como los productos sujetos a contribuciones aduaneras.

Junto con la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal (29 de diciembre de 1976) se publicó un nuevo Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (23 de mayo de 1977), y la Secretaría quedó integrada por la Subsecretarías de Hacienda y Crédito Público, de Ingresos, de Inspección Fiscal, a la que se encontraba adscrita la Dirección General de Aduanas, y la Oficialía Mayor; la Procuraduría Fiscal de la Federación, y la Tesorería de la Federación.

La Ley Aduanera, publicada el 30 de diciembre de 1981, contenía la terminología utilizada internacionalmente; se simplificó la estructura de los recursos administrativos, remitiéndose a los previstos en el Código Fiscal de la Federación y se regía por un nuevo principio de confianza en el contribuyente, a través de la autodeterminación del impuesto; se recopilaban las normas de valoración de mercancías; se promovía la industria maquiladora y las empresas Pitex, y se definieron los regímenes aduaneros que conocemos actualmente.

México se incorporó en 1986 al Acuerdo General sobre Aranceles Aduaneros y Comercio (GATT), y en mayo de 1988 al Consejo de Cooperación Aduanera (CCA), que tienen por objeto armonizar y facilitar el comercio internacional.

En 1989, la Dirección General de Aduanas quedó asignada a la Subsecretaría de Ingresos, mediante la reforma del Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.

Mediante el Decreto por el que se reforman, adicionan y abrogan disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, publicado el 4 de enero de 1990, gran parte de las funciones de la Dirección General de Aduanas fue distribuida a unidades administrativas adscritas a la Subsecretaría de Ingresos, con funciones meramente fiscales.

El 25 de enero de 1993 se publicó la reforma al Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público, en la que se modificó el nombre de la Dirección General de Aduanas por el de Administración General de Aduanas y se estableció la jurisdicción de 45 aduanas en el país.

En 1994 se separaron de la Resolución que establecía reglas fiscales de carácter general (Resolución Miscelánea Fiscal) las reglas de Comercio Exterior.

Posteriormente se vio la necesidad de hacer una reforma integral a la ley que venía regulando la operación aduanera, publicándose una nueva Ley Aduanera el 15 de diciembre de 1995, la cual entró en vigor el 1 de abril de 1996, reformada mediante publicación del 30 de diciembre del mismo año. Los cambios consistieron en la introducción de mecanismos que permitirían valorar la mercancía de acuerdo con lo establecido por el artículo VII del GATT, así como el cambio del sistema aleatorio por un sistema automatizado (inteligente); se reforzaron los métodos para el control de los agentes y apoderados aduanales, así como de sus representantes.

A partir del 1 de julio de 1997 se creó el Servicio de Administración Tributaria (SAT), al cual quedó adscrita la Administración General de Aduanas. El Reglamento Interior del Servicio de Administración Tributaria se publicó el 30 de junio de 1997.

En 1998 nuevamente se reformó la Ley Aduanera, en el sentido de revisar y fortalecer los mecanismos de control que permitieran combatir la evasión en el pago de contribuciones, el cumplimiento de las regulaciones y restricciones no arancelarias y en general el fraude aduanero, que representa una competencia desleal para la industria nacional, el comercio formalmente establecido y el erario público.