La formalización del comercio de España con sus colonias comenzó con la expedición de las reales cédulas de 1509, 1514, 1531 y 1535, que legitimaban el monopolio mercantil de ésta con los territorios recientemente conquistados. Para tal efecto, se instalaron en Nueva España las Casas de Contratación, instituciones creadas desde 1503 con el propósito de controlar y fiscalizar el comercio y la navegación entre España y las Indias. En 1551, en Veracruz, se inició la edificación de las primeras instalaciones portuarias.

El comercio con Oriente se inició en la segunda mitad del siglo XVI, cuando se instituyó la ruta mercantil entre Acapulco y Manila. Cabe recordar que, las islas Filipinas formaban parte también del Virreynato de la Nueva España. En 1593, Felipe II, por medio de una Cédula Real, ordenó restringir el volumen de la carga comercial para limitar las mercancías no filipinas, los llamados "productos de la China", procurando así evitar daños al comercio español. Dado que en el puerto de Manila no se efectuaba ningún control de los embarques, la revisión aduanal se realizaba en Acapulco.

En el Virreinato de la Nueva España se estableció el llamado derecho de almojarifazgo (impuesto a la importación). La relevancia de este tributo fue de tal magnitud que la corona española dictó sobre la materia numerosas cédulas reales, decretos y ordenanzas, desde 1532 a 1817, mismas que regulaban la entrada y salida de mercancías; incluso ya se habla de franquicias diplomáticas por la introducción de mercancías.